交通运输业是物流系统的一个重要组成部分，单是在其内部的子行业之间整合就遇到了极大的困难。这个问题在中国特别突出，不同运输方式之间的条块分割迫切要求物流系统的行业整合。铁路、公路、航空、海运等运输资源，在中国除了像深圳等个别新建城市统一由运输局管辖外，其它均分别直属铁道部、交通部、航空总局、海运局等统辖。更重要的是，这几种基础运输方式之间的规划发展，由于条块分割严重而无法做到科学有效的统一配置，资源浪费巨大。另外，部门之间各自为政，造成信息不透明，以致很难形成中国物流业的权威数据。